С 1925 по 1940 гг Новороссийская ВМБ практически существовала только на бумаге. Перед самым началом ВОВ, в ноябре 1940 года, Новороссийская ВМБ получает полный статус. По приказу Командующего ЧФ от 29.01.1941 г., была определена структура со штабом и управлением базы. С началом ВОВ подразделения Новороссийской ВМБ вступили в бой, став столпом поддержки, на котором зиждилась поддержка Одессы и Севастополя, находящихся на тот момент в осаде.

В декабре 1941 г. корабли Новороссийской ВМБ участвовали в Керченско-Феодосийской операции. В 1942 г. они также принимали участие в эвакуации войск, находящихся в осаде, из Севастополя и Керченского полуострова. Как мы видим, новороссийская военно-морская база с самого начала своего существования стала играть существенную роль в обороне страны. В результате кровопролитных сражений в октябре 1942 г. войска Советского Союза покинули большую часть Новороссийска.

Основные силы и штаб базы были передислоцированы в г. Геленджик. В сентябре 1943 г. оттуда произошла высадка морского десанта в Южную Озарейку и на Малую землю. Результатом этих действий стало полное освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков. После этого началась многолетняя борьба с глубоководными минами. В итоге в акватории порта было обнаружено более 50 неконтактных мин.

В 1947 году Новороссийская военно-морская база была распущена. Новороссийск на долгое время стал центром тылового базирования Черноморского флота. На этом история Новороссийской ВМБ заканчивается. Новороссийская военно-морская база прочно вошла в историю благодаря мужеству солдатов и офицеров, служивших на ней.